Торжественное открытие музея как филиала туапсинского историко-краеведческого музея им. Н.Г. Полетаева состоялось 18 мая 1988 года.

Музей был открыт для посетителей в 1994 году. В мае состоялось открытие первых двух экспозиционных залов, проведена первая обзорная экскурсия. С 1994 по 1997 год формируются коллекции музейных фондов, создается постоянная экспозиция в залах.

В 1997 году музей становится самостоятельным учреждением культуры города Туапсе. Активно ведется научно-исследовательская работа, экспозиционно-выставочная деятельность.

В 2010 году воссоздана открытая терраса к дому-музею, которая была при жизни художника.

В настоящее время, путем активного продвижения музейных услуг, развитием новых направлений в работе музея, популяризируется творчество А.А. Киселева, сохраняется культурное наследие художника, ведется показ музейных предметов и коллекций.